اولین بار در سال 1378 " سازمان پایانه های مسافربری شهرداری اهواز " به عنوان یکی از 15 سازمان " شهرداری در ساختار تشکیلاتی دهیاریها وشهرداریهای استان و کشور مطرح گردید . در آخرین وضعیت سازمانی قبل از جداشدن ، از شهرداریهای مناطق پنچ گانه ، به عنوان یکی از مسئولیتها ،  15 گانه شهرداری ها مناطق محسوب میگردید .
در سال 1380 به منظور توسعه و نگهداری و همچنین احداث پایانه های مسافربری سازمان اقدام به طرح موضوع کارشناسی اماکن تجاری واگذار شده به موسسات و شرکتهای مسافربری و تشکیل دفاتر کنترل درآمد و معاونتهای اجرائی و فنی عمرانی در ستاد مرکزی سازمان نمود . که ریاست آن طبق اساس نامه مصوب با مدیر عامل سازمان و هیئت مدیره و شورای سازمان که ریاست آن با شهردار بود . در پایانه های چهارگانه مسافربری مورد بهره برداری قرار گرفت .
تعریف امور حمل و نقل در نمودار سازمانی
 امور حمل و نقل مسافرتهای جاده ای در پایانه های مسافربری چهارگانه شهرداری اهواز بر عهده شرکتها و موسسات تحت پوشش سازمان حمل و نقل و پایانه های استان طبق آیین نامه ها و مصوبات دولت قرار گرفته است .
در همین راستا با جدا سازی و تعیین وظایف حمل و نقل جاده ای ، از وظایف شهرداری طبق چهار چوب لایحه احداث پایانه های مسافربری مصوب اسفند 1372 و آیین نامه های اجرائی دولت ، اهداف اصلی سازمان پایانه های مسافربری را ، حفظ و نگهداری و اداره امور پایانه ها و تجهیز و توسعه آنها با استفاده از ابزار و روشهای پیشرفته و متناسب با افزایش رشد جمعیت و در صورت لزوم احداث پایانه های جدید در مبادی ورودی و متناسب شهر در چهارچوب لایحه قانونی احداث پایانه ها مسافربری دانست ، که اولین تشکیلات سازمان پایانه های شهرداریهای بالای پانصد هزار نفر جمعیت کشور در سال 1379 در مرکز استان خوزستان و در شهرستان اهواز تصویب و با عنوان سازمان پایانه های مسافربری اجرائی گردید .
این سازمان در بدو تاسیس دارای (32) شرکت و موسسه مسافربری و ( 68 ) واحد تجاری در چهار پایانه مسافربری بود که در سال 1390 به ( 49 ) شرکت و موسسه مسافربری و( 130 ) واحد تجاری ارتقاء پیدا کرد .